Den 16 juli 1943 upptäcker invånarna i Gårdshuset till sin förskräckelse att det har varit inbrott i Gatuhuset. Både huvudingången och porten till magasinet är uppbrutna med bräckjärn. När Johannes Kleiman senare kommer till kontoret så upptäcker han att två kassaskrin saknas. Dessutom så har inbrottstjuvarna plockat med sig ransoneringskuponer värda 150 kilo socker. Alla blir nu rädda att inbrottssjuvarna ska har märkt att Gårdshuset är bebott och anmält saken. Men dagarna går och ingenting händer.
De försöker föra ett så normalt liv som möjligt, men dagarna är oändligt långa. Hur länga kommer kriget att pågå? Ovissheten började göra dem otåliga. Den 8 september 1943 så vaknar ett hopp hos dem. I radion så hör de att Italien, Tysklands bundsförvant, har förklarat sig besegrad av de allierade. Kanske kommer kriget att ta slut nu?
Åren går och 9 april 1944 blir det ännu ett inbrott i Gårdshuset. Alla blir stela av skräck, men även denna gång så slutade allting bra. Den 6 juli samma år, så kommer nyheten i radio om att de allierade har invaderat Normandie i Frankrike. Anne jublar : "Skulle verkligen den länge efterlängtade befrielsen närma sig? Befrielsen, som man har talat så mycket om, som är alltför underbar, alltför sagolik för att nånsin kunna bli verklighet?". Den 12 juni 1944 fyller Anne femton år. I nära två år har nu hon och de andra sju bott instängda.
Den 4 augusti 1944 blir de upptäckta
Det har förblivit en gåta vem det var som angav Gårdshusets invånare för tyskarna. Alla åtta skickades till Auschwitz-Birkenau i Polen. Efter att familjerna blivit bortförda så återvände Miep och Jan Gies till Gårdshuset och fann det i en obeskrivlig röra. På golvet låg Annes dagbokspapper utspridda. Dem tog de med sig tillsammans med en del andra papper och böcker, däribland familjen Franks fotoalbum.
Otto Frank (Annes pappa) blir den enda som överlever. Han var kvar i Auschwitz när ryssarna befriade lägret den 27 januari 1945. Den 3 juni 1945 kunde Otto återvända till Amsterdam. Han begav sig raka vägen till Miep och Jan Gies. Återseendet rymde både glädje och sorg. Han berättade att hans fru var död, men att han hyste gott hopp om att Anne och Margot fanns i livet. Otto bodde en tid hos paret Gies och varje dag försökte han ta reda på vad som hänt sina två döttrar. Efter nära två månader får han reda på att varken Anne, eller Margot, hade klarat sig. Hela tiden hade Miep Annes dagböcker i säkert förvar, med tanke på att en gång kunna återlämna dem till henne. När det nu var ett faktum att Anne var död tog Miep fram dagböckerna och överlämna dem till Otto.